La iglesia esta formada por 3 naves separadas por columnas cilíndricas con bases octogonales. Los muros tienen semicolumnas en las cuales apoyan arcos de medio punto que a su vez también se apoyan en las columnas que separan las naves. Sobre el Altar Mayor hay una bóveda semiesférica achatada. En frente del Altar Mayor esta el coro el cual tiene el único órgano que todavía hay de los 6 que hubo en las iglesias de Atienza. Las paredes tienen fuertes contrafuertes. En las paredes laterales se abren 5 ventanas con arcos de medio punto. En el muro del coro hay 3 oculos, pero los 2 laterales están cegados. Para entrar a la iglesia hay dos puertas: la principal esta abierta a la Plaza del Trigo. La puerta es de madera. Tiene un arco de medio punto. A cada lado de la puerta hay una columna con base tetragonal que sostienen un tejadillo sobre el que hay un nicho y dentro de este hay dos figuras, San Juan Bautista y el Cordero Pascual. El nicho tiene encima una cruz de piedra. A los pies de la puerta hay una escalera. La otra puerta esta abierta al arco Arrebatacapas. Esta puerta es más sencilla. Es de madera, tiene a sus pies una escalera que no llega a salir de la pared. El arco de la puerta es de medio punto. Encima de esta puerta están los 3 oculos. A la derecha de la puerta esta el campanario, al lado del arco Arrebatacapas, siendo este más bajo que el tejado de la iglesia.
Los cuadros que hay en la iglesia son de Alonso del Arco. Estos cuadros están en el retablo de San Juan Bautista situado en el Altar Mayor. Estos cuadros son "El Bautismo de Cristo" , "La predicación del Bautista" , "La lapidación de San Esteban", "San Martín", "Zacarias", "La Ascensión" y "Nacimiento de San Juan Bautista". El retablo de San Juan Bautista es de madera policromada y esta adaptado a la bóveda. Tiene el retablo 4 columnas de madera adornadas con hojas de parra y racimos de uvas. Encima de cada columna hay un ángel con una espada, pudiendo representar a los 4 jinetes del Apocalipsis. En medio del retablo esta Cristo crucificado. Esta talla es de madera policromada y no pertenecía al retablo. Encima del Cristo esta la talla de San Juan Bautista hecha de madera policromada.
El Altar Mayor esta cerrado con una reja de 1,10 m. De alto y es de hierro forjado con adornos de latón. El retablo es barroco, del siglo XVII y es obra de Diego del Castillo y Diego de Madrigal, y dorada por Agustín Vázquez. A la derecha del Altar Mayor se sitúan los retablos de San Antón, de madera policromada al igual que la talla. Es barroco de a mitad del siglo XVII y es obra de Cristóbal Condado; el de la Inmaculada, de madera dorada, obra barroca del siglo XVII hecha por Diego del Castillo. En medio hay una figura de la Inmaculada realizada por Rafael de Gerique, el de la Virgen de Los Dolores, de madera dorada. En medio, la figura de la Virgen de Los Dolores ( foto en la sección de fiestas y costumbres). Obra barroca del siglo XVII, vestida con un manto de tercio pelo negro bordado en oro del siglo XVIII y corona de plata y coral del siglo XIX. P ambos lados de la figura hay una figura en madera policromada, barrocas y del siglo XVIII. Representan a San Joaquín y a Santa Ana. Debajo de la Virgen de Los Dolores hay una urna de madera dorada en cuyo interior esta el Niño Jesus, de madera policromada, barroco del siglo XVIII; el de San José, de madera policromada. En medio hay una talla de San José con el Niño en madera policromada. La obra es barroca del siglo XVIII; y el de Santiago el Mayor, de madera policromada. Esta decorado con pinturas sobre tabla: "San Juan y Santiago el Menor", "Batalla de Clavijo", "San Andrés y San Pedro", "Depositación del cadaver de Santiago", "Viaje del cadaver de Santiago", "Prendimiento de Santiago" y "El Martirio de Santiago". En medio esta la talla de la Virgen del Pilar que fue trasladada de la Iglesia de Nuestra Señora del Val.
Arriba y cada lado del retablo están los medallones de San Pedro y San Pablo de madera policromada. Este retablo fue trasladado de la Iglesia de San Gil. Es renacentista del siglo XVI y es obra de Juan de la Sierra y las pinturas son de Pedro de Andra. A la izquierda del Altar Mayor hay 4 retablos más. El primero es de madera dorada. Es barroco del siglo XVII y fue hecho por Cristóbal Condado. Este retablo es utilizado como Sagrario. En medio del retablo esta la talla del Santísimo Cristo del Perdón. Bajo su rodilla izquierda tiene una esfera con varios dibujos pintados entre ellos y como principal "El Pecado Original". Es obra del siglo XVIII y hecha por Luis Salvador Carmona. Después esta el retablo de San Francisco Javier. Es de madera dorada. Hay 2 oleos sobre lienzo: "San Francisco Javier" y "San Juan Evangelista en Patmos". Los oleos son de Andrés Grande y el retablo es barroco del siglo XVII y esta hecho por Diego del Castillo; Sigue el retablo de la Virgen del Carmen. Es de madera policromada, barroco y del siglo XVIII. El retablo tiene en el centro una figura de la Virgen del Rosario con el Niño Jesús. Encima de la figura hay un óleo sobre lienzo, "San Pascual Bailón". El cuarto retablo esta dedicado a Nuestra Señora. Es de madera dorada y policromada y esta decorada con pinturas sobre tabla: "Nacimiento de la Virgen", "Presentación de la Virgen", "El Abrazo en la Puerta Dorada", "La Anunciación", "La Asunción de la Virgen" y "La Visitación".
También hay varias figuras: una de madera policromada sin identificar a la que le faltan las manos, otra figura de Santa Bárbara de madera policromada y figura de la Virgen Maria, también de madera policromada, hecha en el año 1600. La obra es renacentista, del siglo XVI, hecha por Juan de la Sierra y las pinturas son de Pedro de Andrada. Esta obra fue trasladada de la Iglesia de San Gil. La iglesia tiene una pila bautismal del siglo XVI y pilas benditeras de los siglos XVI-XVII. En el coro hay un órgano del XVII que ha sido restaurado hace algunos años debido a su deterioro y un facistol de madera de nogal.